Původní název Dvůr Nový patřil pravděpodobně panům z Hradce vládnoucích tomto kraji v první polovině 14. století. Poté se Nové Dvory staly majetkem Rožmberků, nejspíše s prodejem hradu Hrádek v roce 1363, a s ním byly připojeny k Choustníku. Později byl na místě zbořeného hradu Hrádek postaven mlýn. První zpráva o mlýnu pochází z roku 1713. Roku 1593 prodal poslední potomek rodu Rožmberského, Petr Vok, Křeč, Chrbotín, Nové Dvory, Stranoves, Střítěž a polovinu Kozmic Jiří Homutovi z Harasova, které sídlil na Bělé. Ten později roku 1599 přikoupil Radenín a přestěhoval tam své sídlo. Nové Dvory byly připojeny k Radenínu až do zrušení robotu v roce 1848. V 15. století se ve vsi a jejím okolí dobývala železná ruda. Z dávné činnosti zbylo dodnes jen pojmenování dvou tratí Na Šachtě a V Rudě. Zbytky zdejšího dolování jsou doposud patrné v blízkém lese s prapodivným názvem Vejchach.